系所認可結果攸關系所發展，其認可過程必須相當慎重，以確保作業的專業公正，此次認可作業過程經過三個階段。
認可過程慎重 確保專業公正
第一階段由實地訪評小組提出報告初稿，並受理受評學校申覆，以及實地訪評小組處理和回應受評學校申覆，才完成實地訪評報告建議。第二階段由學門規劃審議委員會委員及兩位實地參與評鑑委員組成「學門認可初審小組」，審查實地訪評報告建議、受評學校申覆及回應，完成「系所評鑑認可建議書」。第三階段由學門規劃審議委員會召集人及教育部高教司長組成「學門認可審議委員會」，議決學門認可初審小組「系所評鑑認可建議書」，完成「系所評鑑認可報告書」。
完成上述三個認可作業過程，中心隨即於董事會提出報告，並陳報教育部核備後，即函知受評學校。
評鑑認可 避免用同一標準衡量
過去臺灣三十多年來的大學評鑑，偏重於採用同一標準評鑑學校，並採等第方式呈現結果。但因學校屬性、資源、條件、創校歷史、地理區位等均屬不同，倘若用同一把尺相互比較，容易造成受評學校質疑。
因此，這次系所評鑑參酌歐美國家實施「認可制」精神，並結合國情需要，避免採用同一標準衡量所有系所，由系所自我舉證資料說明辦學實際狀況；並以下列五個項目作為評鑑內容：1.目標、特色與自我改進；2.課程設計與教師教學；3.學生學習與服務；4.專業與研究表現；5.畢業生表現。
這次系所評鑑主要特色如下：1.重視系所教師教學和學生學習；2.強調系所品質改進和品質保證；3.鼓勵系所自我評鑑和自我改進；4.倡導系所自我比較而非與他校系所比較；5.採用質性文字描述系所辦學狀況而非量化數據。
認可結果公布 系所仍須改進
必須強調的是，即便認可結果通過，都只能代表具有一定辦學品質，並非完美無瑕，仍須就實地訪評委員之建議，提出具體改進作法，以提供學生優質學習環境。認可結果為「待觀察」或「未通過」者，可於文到後一個月內提出申訴；另須就實地訪評委員所提建議進行改進，並且於明年7月起接受追蹤評鑑或再評鑑。
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